De récentes recherches révèlent d’innombrables liens cachés entre notre alimentation, notre santé et la planète. Des évidences médiées par les microbiomes du système agroalimentaire qu’il convient de préserver pour protéger à la fois la santé humaine et la santé de la planète. Un grand principe s’impose : lorsque les microbiomes sont diversifiés et équilibrés, ils assurent la sécurité, la nutrition et la durabilité de nos aliments, ainsi que la santé de notre planète.
Cependant, parallèlement à cette reconnaissance du rôle critique des microbiomes dans la santé de la planète et de ses occupants, le constat est préoccupant, celui d’une dégradation progressive de la qualité et de « biodiversité » de ces communautés microbiennes dans l’ensemble du système. Cette fragilité émergente se manifeste notamment par une augmentation de la résistance aux antimicrobiens (RAM), de mauvaises récoltes, une perte de diversité microbienne dans les eaux et les sols, une altération de la qualité des aliments mais aussi dans l’intestin humain, pouvant aller jusqu’à la dysbiose intestinale.
De nombreuses recherches pointent ainsi le cercle vicieux entre cet appauvrissement de la biodiversité et des produits alimentaires, la part croissante des aliments ultra-transformés qui perturbent à leur tour les microbiomes naturels et la santé humaine. Dans ce cercle vicieux, la crise climatique, l’agriculture intensive, la surconsommation d’antibiotiques et d’engrais, et la pollution ont également leur part de responsabilité.
Au centre de la santé humaine, les microbiomes
« Les microbes expliquent tout,
depuis la pourriture des fraises et la maladie du saumon d’élevage jusqu’aux bienfaits des aliments produits localement, peu transformés et riches en probiotiques pour notre santé ».
Le déclin de la diversité microbienne se reflète dans la santé humaine : il se traduit par une diminution de la qualité et de la disponibilité des aliments, et par une augmentation des maladies chroniques chez les humains, les animaux et les plantes.
Les communautés microbiennes cachées qui sous-tendent ces systèmes, apparaissent ainsi comme des cibles prioritaires d’interventions ciblées pour protéger nos systèmes alimentaires, notre santé et celle de notre planète.
Tout comme les microbes travaillent ensemble, nous devons, à chaque étape du système alimentaire, faire des choix respectueux des microbes, du producteur au consommateur. Pour une durabilité de l’espèce, s’impose aujourd’hui une approche concertée entre consommateurs, producteurs agricoles, régulateurs, éducateurs, médecins et scientifiques qui vise, en première intention, à protéger et à restaurer ces réseaux microbiens cachés.
Sources:
- Frontiers in Science 39 July, 2025 DOI :10.3389/fsci.2025.1575468 Harnessing agri-food system microbiomes for sustainability and human health
- Microbiology and Molecular Biology Reviews 27 June, 2023 DOI :10.1128/mmbr.00212-22 Microbiome Interconnectedness throughout Environments with Major Consequences for Healthy People and a Healthy Planet
- nature reviews microbiology 9 August, 2021 DOI : 10.1038/s41579-021-00602-y Interactions between bacterial and phage communities in natural environments
- Microbiome 30 June, 2020 DOI : 10.1186/s40168-020-00875-0 Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges
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