Comprendre les relations au sein du microbiome intestinal ouvre la porte à un nouveau domaine d’opportunités médicales pour des pathologies extrêmement diverses, allant des maladies inflammatoires de l’intestin (MICI) aux infections, en passant par les maladies auto-immunes et les cancers. Cette équipe de biologistes de l’Hudson Institute of Medical Research progresse, avec ces travaux publiés dans la revue Nature Communications, dans la compréhension de ces interactions.
L’auteur principal, Samuel Forster, professeur agrégé de microbiologie, d’immunologie et de biologie, expert du microbiome est, avec son équipe à la recherche de nouvelles façons de comprendre les interactions au sein du microbiome intestinal humain. On sait que
plus le microbiote intestinal contient une diversité d’espèces, meilleur c’est pour la santé.
Ainsi, il existe environ 1.000 espèces bactériennes différentes dans un intestin sain. Il s’agit d’une communauté multiculturelle microscopique comptant plus d’un milliard de membres.
Plus largement, il existe des milliards de microbes vivant à l’intérieur et à la surface du corps, constituant plusieurs types de microbiomes. Tous sont essentiels à votre santé et à la lutte contre les maladies.
La peau, la vessie et les organes génitaux abritent également leur microbiome.
Le microbiome intestinal joue cependant « un rôle un peu à part » car sa composition est unique et affecte le métabolisme, le tractus gastro-intestinal mais aussi le cerveau et le système immunitaire. Si chez une personne en bonne santé, les microbes symbiotiques et pathogènes travaillent en équilibre, les déséquilibres ou dysbiose contribuent au développement de maladies.
Les bactéries oui, mais leurs interactions « comptent » aussi
« Les bactéries de nos microbiomes existent sous forme de communautés qui dépendent les unes des autres pour produire et partager des nutriments essentiels entre elles. Nous avons développé une nouvelle méthode informatique pour comprendre ces dépendances et leur rôle dans la formation de notre microbiome » écrit l’auteur.
Quelles sont les espèces « les plus importantes » et comment interagissent-elles pour favoriser la santé ?
Il est désormais possible de cartographier non seulement les espèces présentes, mais aussi de suivre la manière dont elles interagissent et comment cela peut affecter l’ensemble du corps. « Cette nouvelle méthode ouvre notre compréhension du microbiome intestinal et constitue une base pour de nouvelles options thérapeutiques qui visent à remodeler sélectivement les communautés microbiennes ».
Quelques exemples : dans le cas de la maladie de Crohn, l’équipe confirme l’importance du sulfure d’hydrogène et démontre que la cause la plus probable est la perte de bactéries qui utilisent le sulfure d’hydrogène, et non une augmentation des espèces qui le produisent, comme on le pensait jusque-là. Avec des conséquences en termes de thérapies possibles.
Ainsi, ces travaux ainsi que les techniques d’analyse microbienne utilisées, constituent une étape importante dans le développement de thérapies microbiennes complexes.
« Ces connaissances sur la structure communautaire ouvrent l’opportunité d’interventions ciblées visant des combinaisons de microbes spécifiques ».
Source: Nature Communications 20 Oct, 2023 DOI : 10.1038/s41467-023-42112-w Disease-specific loss of microbial cross-feeding interactions in the human gut (In Press) via bioRxiv
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