Les patients présentent des susceptibilités différentes à l’infection à SRAS-CoV-2 et développent des symptômes de la maladie COVID-19 à des degrés de sévérité eux-aussi très variables. Il est clair qu’identifier les raisons de cette vulnérabilité permettrait de mieux protéger les personnes à risque élevé ou à pronostic sévère. Cette équipe de l’Université de Californie – Riverside montre comment les variations d’expression de certains gènes chez l'hôte du SRAS-CoV-2 peuvent expliquer ces différents degrés de sensibilité au COVID-19. Les conclusions de l’étude présentées dans la revue Informatics in Medicine Unlocked précisent les sources moléculaires sous-jacentes à cette variabilité.
Une première équipe, italienne, avait déjà et pour la première fois, identifié des facteurs génétiques et moléculaires de la sensibilité à l'infection ainsi que de la vulnérabilité à une forme plus sévère de la maladie. En pratique, l’étude, menée dans le cadre du projet GEN-COVID, identifiait des gènes de susceptibilité liés à une issue soit favorable, soit défavorable de l'infection. Les scientifiques de l'Université de Californie, de Riverside et de l'Université de Californie du Sud apportent également une pièce du puzzle.
De meilleurs tests médicaux pour une surveillance et un traitement mieux personnalisés
L’auteur principal, Sika Zheng, professeur agrégé de sciences biomédicales à l'UC Riverside explique que sur la base des biomarqueurs et des profils moléculaires identifiés, il sera possible de développer de meilleurs tests de diagnostic, capables d’intégrer ces différences de sévérité possible de la maladie.
S’intéresser aux gènes hôtes du SRAS-CoV-2 : le virus SARS-CoV-2 détourne des molécules hôtes humaines pour infecter et se répliquer. Ces molécules hôtes humaines sont collectivement appelées gènes hôtes du SRAS-CoV-2. Les chercheurs ont systématiquement analysé l'expression génique de l'hôte du SRAS-CoV-2, ses variations et la dépendance à l'âge et au sexe en population générale, à l’aide de 3 techniques, la génomique, la transcriptomique et la protéomique.
Des gènes de variabilité et de susceptibilité identifiés : parmi les 6 gènes les plus exprimés de manière variable en population générale, les chercheurs en identifient 3 : ACE2, CLEC4G et CLEC4M, déjà connus pour interagir avec la protéine de pointe du SRAS-CoV-2. Une expression plus élevée de ces gènes augmente à la fois le risque d’infection et de forme sévère de la maladie. D'autres gènes variables, SLC27A2 et PKP2, inhibent la réplication du virus. Enfin, un gène en particulier, PTGS2, module la fièvre. Les scientifiques identifient ici les variantes génétiques liées à l'expression variable de ces gènes.
Les profils d'expression des gènes de variabilité peuvent permettre de stratifier le niveau de risque
Cet outil d’évaluation des risques a plusieurs implications : dont prioriser l’accès au vaccin dès qu’il y en aura un. Ces marqueurs moléculaires peuvent également donner lieu à des tests sanguins permettant de prédire ou de surveiller la progression de la maladie en évaluant, notamment la réponse au traitement.
Ainsi, des facteurs génétiques et biologiques semblent déterminants dans le risque d’infection par le SRAS-CoV-2 et la gravité des symptômes. Des bases suffisantes, expliquent les auteurs, pour lancer un projet à grande échelle pour profiler les génotypes et le transcriptome des patients COVID-19.
Source: Informatics in Medicine Unlocked Oct, 2020 DOI : 10.1016/j.imu.2020.100443 Understand variability of COVID-19 through population and tissue variations in expression of SARS-CoV-2 host genes
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