COVID : Le risque d’échappement subsiste

L’étude de cas décrit l’évolution virale prolongée chez un patient infecté par le SRAS-CoV-2 pendant 613 jours, infection qui a permis de nombreuses mutations et conduit

au développement d’une variante « hautement mutée ».

À la connaissance de ces cliniciens, l’infection COVID documentée correspond à la durée d’infection par le SRAS-CoV-2 la plus longue à ce jour jamais observée, même si plusieurs études de cas ont fait état d’infections ayant duré plusieurs centaines de jours.

Si les patients infectés par le SRAS-CoV-2 en bonne santé peuvent éliminer le virus en quelques jours, voire « au pire » quelques semaines, ce n’est pas le cas des patients immunodéprimés. Ces derniers peuvent développer une infection persistante avec une réplication et une évolution virales prolongées. Certains experts émettent ainsi l’hypothèse que l’émergence initiale du variant Omicron serait issue d’un individu immunodéprimé. Une autre hypothèse est celle des thérapies par anticorps monoclonaux et/ou de nouveaux antiviraux, qui, en exerçant une pression immunitaire ciblée, pourraient également favoriser l’émergence de variantes à échappement immunitaire.

Le rapport décrit l’évolution virale chez un patient de sexe masculin immunodéprimé de 72 ans, admis au centre médical universitaire d’Amsterdam en février 2022 avec une infection par le SRAS-CoV-2. En raison d’antécédents de greffe de cellules souches allogéniques, ce patient était immunodéprimé. Le patient avait reçu plusieurs vaccinations contre le SRAS-CoV-2 mais était sans niveaux d’anticorps mesurable lors de son admission à l’hôpital. La surveillance génomique de routine a montré une infection par la variante BA.1.17 d’Omicron SARS-CoV-2. Il a reçu un traitement avec le sotrovimab, un anticorps dirigé contre le SRAS-CoV-2, le sarilumab, un anticorps anti-IL6 et de la dexaméthasone, sans réponse clinique.

• Le séquençage de suivi du SRAS-CoV-2 révèle le développement d’une mutation connue de résistance au sotrovimab S:E340K ;
• l’infection prolongée a conduit à l’émergence d’une nouvelle variante immuno-évasive ;
• le séquençage de suivi complet du génome du SRAS-CoV-2 a, durant l’hospitalisation, été réalisé sur 27 échantillons nasopharyngés, de février 2022 à septembre 2023. Ces analyses ont révélé
• plus de 50 mutations nucléotidiques par rapport aux variantes BA.1 contemporaines circulant avec de multiples substitutions d’acides aminés, y compris sur le récepteur ACE-2 et certains sites de liaison ; plusieurs délétions ont été identifiées dans le domaine N-terminal de Spike,

• indiquant une évasion immunitaire.

• finalement, le patient est décédé des suites d’une rechute de son état hématologique après être resté positif au SRAS-CoV-2 avec une charge virale élevée pendant un total de 613 jours ;
• aucune transmission documentée du variant hautement muté n’a été observée à l’hôpital et dans la communauté.

Ce cas souligne le risque d’infections persistantes par le SRAS-CoV-2 chez les individus immunodéprimés, l’émergence toujours possible de nouvelles variantes hautement pathogènes et l’exigence d’une surveillance génomique rigoureuse, en particulier des infections persistantes qui se développent chez des personnes immunodéprimées.

Les auteurs incitent sans dramatiser à ne pas baisser la garde, les infections prolongées chez les patients immunodéprimés étant somme toutes assez fréquentes.