Le SRAS-CoV-2 continue d'accumuler des mutations pour échapper à l'immunité, entraînant une incidence croissante des infections de percée après la vaccination. Ainsi, différents variants, en provenance de Chine mais aussi des Etats-Unis préoccupent les agences sanitaires mondiales et européennes. En dépit du succès des premières générations de vaccins contre le SRAS-CoV-2, l'évolution virale et l'échappement immunitaire croissant du virus rendent urgent le développement de vaccins plus largement protecteurs de nouvelle génération. L’équipe de la Wuhan University retrace ici dans la revue Science Translational Medicine, via l’analyse de millions de séquences, l'histoire évolutive de la protéine S du SRAS-CoV-2.
Au bout de cette large recherche, « Span », un nouvel antigène vaccinal qui apparaît provoquer une réponse anticorps neutralisante plus large qu'un vaccin à protéine S de type souche sauvage du SRAS-CoV-2. La première preuve de concept est apportée ici chez la souris, avec l’espoir d’un vaccin…universel, c’est-à-dire capable de déjouer la dérive antigénique du virus.
De très nombreux variants préoccupent aujourd'hui les autorités :
La dernière réunion du 4 janvier 2023 du Groupe consultatif technique sur l’évolution du virus SARS-CoV-2 (TAG-VE) de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) révèle une persistance de la prédominance des lignées d’Omicron BA.5.2 et BF.7 parmi les infections acquises localement. Les lignées BA.5.2 et BF.7 représentaient ensemble 97,5 % de l’ensemble des infections locales d’après le séquençage génomique. Aucun nouveau variant ni aucune nouvelle mutation n’ont été relevés dans les données.
Par ailleurs, le dernier rapport des Centres de Contrôle européens (ECDC) fait état des préoccupations concernant XBB.1.5 est une sous-lignée de XBB avec une mutation RBD de pointe supplémentaire (S486P). Cette lignée a été détectée pour la première fois aux États-Unis puis détectée dans plusieurs autres pays, y compris les pays de l’Europe (Danemark, France, Autriche, Pays-Bas, Allemagne, Italie, Espagne, Suède, Islande, Belgique, Tchéquie, Portugal et Irlande). Cette lignée semble présenter « un grand avantage de croissance » par rapport aux lignées précédemment en circulation.
On l’aura compris, anticiper la trajectoire évolutive du virus à l'avance, pour une conception de vaccins de nouvelle génération est complexe et nécessite une surveillance mondiale constante.
L'étude approfondie de 11.650.487 séquences du SRAS-CoV-2, nous apporte de tout nouveaux indices : la protéine de pointe (S) du SRAS-CoV-2 n’évolue pas « au hasard », mais suit des directions d'infectivité élevée, de plus faible échappement immunitaire ou, a contrario de plus faible infectivité et de plus fort échappement immunitaire. Ainsi, l’analyse révèle que :
- la variante Omicron a une capacité d’échappement immunitaire plus élevée mais une infectiosité élevée que dans une seule des lignées cellulaires testées.
A partir de ces données fines d’évolution du virus, l’équipe chinoise a pu développer « Span », un nouvel antigène vaccinal qui comprend des fragments qui reflètent l'évolution du virus, et qui semble induire une réponse anticorps neutralisante plus large qu'un vaccin à protéine S de type souche sauvage du SRAS-CoV-2.
- Lorsqu'il est administré à des souris, Span a provoqué une réponse anticorps neutralisante plus efficace que les vaccins actuels, et semble offrir une protection substantielle contre les variantes Beta, Delta et Omicron.
Ensemble, ces données soutiennent le développement ultérieur de Span en tant qu'antigène vaccinal.
Les scientifiques évoquent « la faisabilité d'un vaccin universel pour lutter contre la dérive antigénique du SRAS-CoV-2 ».
Sources:
Science Translational Medicine 4 Jan, 2023 DOI: 10.1126/scitranslmed.abo3332 Vaccination with Span, an antigen guided by SARS-CoV-2 S protein evolution, protects against challenge with viral variants in mice
ECDC Jan, 2023 COVID-19 associated with SARS-CoV-2 -Multi-country (EU/EEA) – 2019−2023
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