Ces travaux menés à la Rockefeller University (New York), encore très expérimentaux, soutiennent que l'infection COVID-19 peut être inhibée par des métabolites « naturels » du microbiome humain. Ces scientifiques identifient, ici dans la revue mSphere, des métabolites ou produits intermédiaires ou finaux du métabolisme, dans le microbiome humain, capables d’inhiber in vitro, l'infection par COVID-19. Cette découverte, qui pourra peut-être donner lieu mais à long terme à de nouvelles approches thérapeutiques « microbiotiques », illustrent une nouvelle fois, l’immense richesse des ressources du microbiome humain.
«Nous montrons que les bactéries qui se développent sur et en nous fabriquent des molécules spécifiques qui peuvent inhiber, au moins en laboratoire, l'infection virale cellulaire du SRAS-CoV-2, et les molécules semblent le faire par différents mécanismes », précise l’auteur principal, Sean Brady, biologiste et Directeur de Laboratoire à l'Université Rockefeller.
Il y a urgence à identifier de petites molécules antivirales supplémentaires
Au-delà d’identifier une ressource endogène pour lutter contre l’infection, ces travaux révèlent que certains métabolites produits par le microbiome humain présentent des propriétés antivirales. Les chercheurs utilisent un test d'infection cellulaire par le SRAS-CoV-2 pour identifier les métabolites efficaces à partir d'un échantillon de bactéries du microbiome humain :
- 3 métabolites bactériens apparaissent capables d'inhiber l'infection par le SRAS-CoV-2 : un analogue de l'adénosine, la tryptamine et une pyrazine disubstituée ;
- ces molécules identifiées présentent des similitudes structurelles avec des antiviraux testés dans le traitement du COVID-19 : « Il est intrigant de constater que les métabolites que nous avons identifiés présentent tous des similitudes importantes avec les antiviraux cliniquement pertinents », résume l’auteur principal, le Dr Frank Piscotta ;
- ces molécules sont prometteuses comme « points de départ » de nouveaux antiviraux ;
- ces données ouvrent également la perspective thérapeutique de bactéries ou probiotiques producteurs d'antiviraux.
La prochaine étape sera de décrypter les mécanismes par lesquels fonctionnent les métabolites et de valider, in vivo, que les bactéries qui produisent ces molécules sont bien efficaces contre l'infection virale.
Bientôt des bactéries productrices d'antiviraux chez l'Homme ? Cette découverte de métabolites anti-SRAS-CoV-2 dans le microbiome humain suggère que l'exploration continue de bactéries phylogénétiquement associées à l'Homme pourrait permettre de découvrir de petites molécules supplémentaires qui inhibent le SRAS-CoV-2 ainsi que d'autres infections virales.
Source: mSphere 1 Dec, 2021 DOI: 10.1128/mSphere.00711-21 Metabolites with SARS-CoV-2 Inhibitory Activity Identified from Human Microbiome Commensals
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